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El FCE abre su subsidiaria en el mercado europeo en 1963 al inaugurar Arnaldo Orfila sus oficinas en Madrid, España, y encomendar su dirección al joven Javier Pradera, uno de los periodistas y editores españoles más importantes del siglo XX.  La subsidiaria ha editado casi quinientos títulos, integrados al catálogo del Fondo de Cultura Económica.

La subsidiaria española comercializa y distribuye los libros del FCE mediante una extensa red que cubre toda España y Europa. Cuenta con la madrileña Librería Juan Rulfo, la más especializada en autores, títulos y fondos editoriales mexicanos y latinoamericanos, que constituye un espacio importante para promover y difundir las obras del FCE mediante presentaciones de libros, las cuales también se efectúan en las sedes madrileña y barcelonesa de La Casa de América, en el Instituto de México en Madrid, y en el Círculo de Bellas Artes, lo que le permite tener una presencia continua en el ámbito editorial y cultural europeo. También participa en ferias del libro locales e internacionales, particularmente en la tradicional de El Retiro y en la LIBER, encuentro anual que se efectúa alternadamente en Madrid y Barcelona.